物流业务从流转税的角度讲，主要涉及到增值税和营业税两大税种。在增值税和营业税的征税范围中，并没有明确规定"物流"这一税目，因此，在税务管理实践中，从事物流的企业应当根据自身的经营范围和收入来源来确定如何缴纳流转税。当然，如果物流企业兼营增值税劳务或者提供交通运输业和服务业以外的其他税目的营业税劳务，就超出了物流企业的经营范围，因此不再是纯粹的物流企业，如邮政物流业务包括一体化物流，货代业务，专递、快递业务、区域配送业务，仓储业务等等。对于邮政物流业务，除《营业税税目注释》中明确规定属于邮政通信业税目征税范围的业务外，其他物流业务应当比照上述原则征收流转税。因此，对物流企业的进行纳税检查，就应该根据有关企业的业务情况，确定检查方法。
　　对物流业务征税，要根据物流业务的具体功能并对照现行税法规定来分析，纳税检查也要围绕相应的经济事项进行。从税收的角度讲，物流业务包括以下几个项目。
　　其一，交通运输业务。物流企业提供搬运、装卸、运输劳务取得的收入，属于营业税"交通运输业"税目的征税范围，适用3%的税率。
　　其二，服务业务。物流企业提供储存、保管、信息劳务取得的收入属于营业税"服务业"税目的征税范围，适用5%的税率。
　　其三，增值税业务。物流企业提供包装、流通加工劳务取得的收入属于增值税的征税范围，其适用税率要根据纳税人应缴纳的增值税所适用的增值税率情况来确定。
　　其四，混合销售业务。物流企业提供配送劳务取得的收入属于混合销售收入。因为物流企业一般是以提供营业税劳务为主，所以对于物流企业的混合销售行为（在提供营业税劳务的同时提供包装、加工等增值税劳务的）应当征收营业税，但是，根据财政部、国家税务总局（94）财税字第026号通知规定，从事运输业务的单位和个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，征收增值税。
　　其五，兼营业务。如果物流企业在提供交通运输业劳务时，同时提供服务业劳务的，应当分别核算不同税目的营业收入，并分别申报缴纳交通运输业营业税和服务业营业税。凡未按规定分别核算应税收入的，一律从高适用税率，按"服务业"税目征收营业税。如果物流企业兼营营业税劳务和增值税劳务，能够分别核算营业税收入和增值税收入的，可分别申报缴纳营业税和增值税；不能分别核算收入的，一律征收增值税。
　　从目前企业的生产经营情况来看，物流业务涉及到所有纳税人。从税务管理系统提供的信息反映，目前对物流业务的处理存在的问题较多。主要的有两个方面：
　　其一，对运输业务的税收政策把握不准确，导致大量运输中所含的增值税不能抵扣。
　　其二，技术操作不当，导致企业运输的税收成本加大。
　　有鉴于此，我们有必要从有关物流企业的税收政策的具体规定的分析开始，讨论如何进行纳税检查。另外，对于联运业务，财政部、国家税务总局《关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）规定，经地方税务机关批准使用运输企业发票，按"交通运输业"税目征收营业税的单位将承担的运输业务分给其他运输企业并由其统一收取价款的，以其取得的全部收入减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额。由于目前我国的物流企业的物流业务仍是以交通运输业务为主，所以在这里我们以交通运输业务的营业税检查作为讨论的重点问题。